Un bateau placé peut être récupéré en faisant un clic-gauche (par défaut). Une fois créé, un bateau peut être placé n'importe où dans l'eau ou sur terre par un clic-droit (par défaut). Comme les wagonnets, on peut entrer dans un bateau en faisant un clic-droit et en sortir en utilisant la touche pour s'accroupir. Ils se déplacent par le contrôle du joueur ou suivant un courant d'eau. Le bateau se déplace plus rapidement sur l'eau qu'un joueur mais il est plus lent qu'un wagonnet. Sur terre, un bateau peut être utilisé mais se déplace très lentement. Un bateau se contrôle à l'aide des touches directionnelles du clavier, permettant de le faire avancer dans la direction dans laquelle le joueur regarde, ou dans la direction opposée. Les touches directionnelles droite et gauche permettent de virer à droite ou à gauche.Dans la version portable, lorsque le joueur est dans un bateau, deux boutons apparaissent pour le contrôler. Le bouton droit oriente le bateau vers la gauche, le bouton gauche l'oriente vers la droite. Les bateaux peuvent accueillir deux entités à la fois. Les créatures sont « ramassées » en faisant venir le bateau près d'elles. Dans la version portable, une créature peut conduire le bateau sans l'aide du joueur. Seul le joueur ou la créature qui est monté en premier peut contrôler le bateau. Les bateaux qui se déplacent rapidement auront un effet visuel « jet d'eau » représentant le sillage. Les bateaux sont des entités dotées d'environ 4 cœurs et se régénérant d'1⁄10 par tick. Ils ne se détruisent que lorsqu'on les frappe, et laissent alors tomber leur objet. Ils sont résistants aux chocs : ils ne vont pas se casser en cas de collision avec un bloc, même à la vitesse maximale.